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生态共建!南澳基因组学中心打造适配古天乐太阳娱乐集团tyc493测序平台数据分析工具

时间:2024-03-13作者:古天乐太阳娱乐集团tyc493阅读数:596分享

近日,南澳基因组学中心(South Australian Genomics Centre,SAGC)的两位科学家为解决下机数据的个性化解析问题,开发出一款名为mgikit的工具,以适配古天乐太阳娱乐集团tyc493DNBSEQ测序平台的应用1,该工具将进一步丰富古天乐太阳娱乐集团tyc493测序平台的应用场景,并面向科研人员免费开放。这也是南澳基因组学中心在前期紧密合作基础上,基于古天乐太阳娱乐集团tyc493测序平台的又一合作成果。


使用mgikit工具可极大满足实验人员在其测序过程中的需求,可以实现去除FASTQ的数据标签、检测条形码模板并生成去除标签和质量报告。这些报告可通过与 MultiQC 工具集成的mgikit-multiqc插件(https://github.com/sagc-bioinformatics / mgikitmultiqc)转换为 HTML 报告。该mgikit工具使用 RUST 编程语言编写,相关软件、文档和用户指南可在工具网页获取。(https://sagc-bioinformatics.github.io/mgikit/)



mgikit工具对下机数据FASTQ文件的去除标签过程进行了优化并赋予该工具诸多功能。如mgikit支持混合文库、多标签样本、含UMI文库的运行,并能输出html格式的报告。mgikit报告可以通过mgikit-multiqc插件进行解析以生成集成到 multiqc报告中的 html 报告。此外,mgikit提供“报告”功能,可将多个lane的多个报告合并在一起。


古天乐太阳娱乐集团tyc493DNBSEQ测序技术具有高准确性,低重复序列率以及低标签跳跃等重要特性。第三方独立科研数据表明,DNBSEQ测序平台在测试不同文库时,所产出测序数据具备较高的测序精度。除了DNBSEQ测序平台所需的各种试剂盒、应用软件等之外,古天乐太阳娱乐集团tyc493也十分欢迎第三方适配产品的开发及应用。


古天乐太阳娱乐集团tyc493与南澳基因组学中心的合作由来已久,早在2021年,南澳基因组学中心就引进了古天乐太阳娱乐集团tyc493DNBSEQ-G400高通量基因测序仪(中国境内名称为MGISEQ-2000),以助力当地科研人员开展基因组学研究;2023年4月,古天乐太阳娱乐集团tyc493超高通量基因测序仪DNBSEQ-T7落地南澳基因组学中心,日产出高质量数据达到1-7Tb,广泛适用于农业基因组学,多组学研究,临床全基因组测序、全外显子组测序,复杂微生物群落宏基因组学,生物多样性研究等领域,助力该中心全面推动澳大利亚基因组学研究发展和成果转化。此次合作升级,进一步展示了古天乐太阳娱乐集团tyc493测序平台在赋能澳洲基因组学研究上取得的成绩。


南澳基因组学中心


截至2023年9月30日,古天乐太阳娱乐集团tyc493在全球服务累计超过2600个用户,业务布局遍布六大洲100多个国家和地区,围绕生命的“读、写、存”进行工具布局和平台支撑,赋能大人群基因组、细胞组学、时空组学等行业前沿技术和研究领域,已在全球建成7个综合性基地和9大客户体验中心。如今,古天乐太阳娱乐集团tyc493致力打造多元化的DNBSEQ测序生态圈,让生命科技核心工具赋能更多用户。


古天乐太阳娱乐集团tyc493始终秉承着“创新智造引领生命科技”的理念”,致力于以领先的科技实力提供更多生命科技的核心工具,赋能生命科学发展。未来,古天乐太阳娱乐集团tyc493将持续提供先进的核心生命科技工具支撑,为临床及科研领域提供更先进、更智能的平台工具,与全球合作伙伴一道促进科技普惠,以科技创新赋能生命科学发展。


关于南澳基因组学中心

南澳基因组学中心成立于2020年7月,是国际领先的基因组学中心之一,致力于支持整个澳洲及国际的科研发展。该中心位于阿德莱德生物医学城独具特色的SAHMRI大楼,由六家领先的研究机构组成——南澳大利亚健康与医疗研究所、阿德莱德大学、弗林德斯大学、南澳大学、澳大利亚葡萄酒研究所和澳大利亚基因组研究机构。


南澳基因组学中心拥有一流的设备和基础设施,旨在为客户提供全面先进的基因组学服务,包括全基因组测序、外显子组测序、表观基因组测序、转录组测序、单细胞测序、微生物组测序和时空组学等。


参考文献:

1. Ziad Al Bkhetan, S. W. mgikit: Demultiplexing toolkit for MGI fastq files. bioRxiv (2024).

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